Transposable elements drive evolution and perturb gene expression in Brassica rapa and B. oleracea

轉座子（TE）佔了超過一半的十字花科蔬菜基因體，但它們在演化與基因調控上的角色一直不明。 在這項研究中，我們利用圖形式分群方法，重新定義了Brassica rapa 與B. oleracea兩個形態差異顯著、卻親緣密切的作物中的轉座子家族。我們發現，LTR 型轉座子是物種分化的重要推手，且其表現模式可由特定特徵（如 DNA 甲基化）加以預測。進一步結合基因共線性分析，我們揭示轉座子常分布在與生殖、發育、逆境反應及轉錄調控相關的基因附近。特別是開花相關基因若鄰近轉座子，往往展現更高的表現變異性，顯示轉座子具備潛在的調控功能。這些發現不僅深化了我們對轉座子如何塑造作物基因體演化的理解，也凸顯了其在作物育種與基因體工程上的應用潛力。

Po-Xing Zheng, Chia-Ying Ko, Jheng-Yan Ou, Andrea Zuccolo, Yao-Cheng Lin (2025) Transposable elements drive evolution and perturb gene expression in Brassica rapa and B. oleracea The Plant Journal, https://doi.org/10.1111/tpj.70452